Храм святителя Филиппа митрополита Московского, в Мещанской слободе начинает свою историю с середины XVII века.
Первая деревянная церковь была построена в 1652 году, когда состоялось торжественное перенесение мощей святителя Филиппа в Москву. Место, где был построен храм святителя Филиппа, находилось на землях, принадлежащих Троице-Сергиеву монастырю. В храме служили до 1689 года, и когда церковь обветшала, ее разобрали, и в 1691 году выстроили каменную. В 1710 в храме был освящен новый придел в честь преподобного Алексия, человека Божия.
В 1777 году при Московском митрополите Платоне (Левшине) храм начали перестраивать. К работе был привлечен известный архитектор М.Ф. Казаков. Он предложил оставить нетронутой трапезную, а разобрать только главную часть храма конца XVII века. Согласно справке из Московской Духовной Консистории, нынешняя церковь «построена 1788 года тщанием священников Максима Дионисиева и Иоанна Сергеева, приношениями прихожан и посторонних дателей». В 1750-х годах Максим Дионисиев был диаконом, а позже священником церкви свт. Филиппа. В настоятельство иерея Максима храм обветшал и потребовал срочной перестройки, о чем свидетельствует сохранившееся его с прихожанами прошение на имя митрополита Московского Платона: «Генваря 20 дня 1777 года, поданным Вашему Высокопреосвященству от нас прошением представлено об означенной нашей приходской церкви убогих местах, а особливо в святом алтаре от самого почти фундамента, даже до свода оказались немалые расседины, кои время от времени умножаются, наводя крайнюю опасность. и что по счиненному с общаго нашего согласия архитектором Матвеем Федоровичем Казаковым осмотру, повреждение оной церкви оказалось от слабого фундамента, отчего по мнению ево, архитектора, необходимо следует настоящую церковь со старым алтарем, исключая трапезу и имеющийся при оной придел, всю до фундамента разобрать и вновь построить. И ныне поспешествующу Божию благополучию и Вашему архипастырскому благословению, собрано и приуготовлено, как материалов, так и наличных денег всего более пяти тысяч рублев. Того ради, Вашего Высокопреосвященства, милостивого архипастыря, покорнейше просим вышеозначенную нашу приходскую церковь разобрать и оную понову возобновить». Строительство по проекту М.Ф. Казакова и под руководством архитектора С. Карина длилось 10 лет, и к 1787 году был выстроен величественный храм в стиле раннего классицизма. Построенная церковь свт. Филиппа, митрополита Московского, в Мещанской слободе, на месте старого одноименного храма XVII века, при трапезной 1752 года, была задумана в качестве домовой церкви подворья митрополита Платона, но проект подворья остался неосуществленным. Внутреннее пространство храма поражало обилием лепнины, полукольцами колонн, высоким светлым куполом, прорезанными окнами-люкарнами. Нужно добавить, что стройная гармония архитектурных форм создает еще и великолепный акустический эффект. Иконостас в своей нижней части принадлежал Казакову, верхняя часть была выполнена в конце XIX века.
Вновь построенная церковь была освящена в 1788 году. В 1827 году на средства князя Долгорукова к трапезной части был пристроен придел преподобного Сергия Радонежского. В XIX веке на территории храма были построены дома церковнослужителей. В 1889 году купцом Н.Ф. Степановым была построена богадельня.
В 1896 году при церкви свт. Филиппа была открыта церковно-приходская школа, об этом сообщали Московские церковные ведомости: «…прошлый 1896-1897 учебный год ознаменовался открытием нескольких церковно-приходских школ в Московской епархии, как в самой столице, так и в уездах губернии. В городе Москве, с началом учебного года, открыта церковно-приходская школа в Филипповской, что в Мещанской слободе церкви. Вновь открытая школа совершает свою деятельность под руководством Совета Кирилло-Мефодиевского братства учителей и учительниц…». Помимо церковно-приходской школы в приходе существовали Николаевский детский приют Московского благотворительного общества, Городское начальное училище и Железнодорожное училище, где должность законоучителей исполняли члены причта храма.
После революции 1917 года для Церкви наступила эпоха разрушений. Храм свт. Филиппа был закрыт в 1939 году. После войны на месте домов священнослужителей была построена школа. При строительстве спорткомплекса «Олимпийский» было снесено все, кроме самого здания храма. В храме находилось государственное учреждение.
С апреля 1991 года в храме возобновились богослужения. 16 июля 1992 года, в день праздника перенесения мощей свт. Филиппа, храм был освящен Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II. С 1993 года было начато восстановление внутреннего убранства и территории храма. В 1994 году был освящен придел преп. Сергия Радонежского. К 1997 году было закончено строительство часовни и двух зданий храмового комплекса.
В деле реставрации храма и возрождения прихода следует особо отметить усердие первого настоятеля храма свт. Филиппа иеромонаха Марка (Клименко). Дарованные ему от Бога таланты он всецело вложил в возрождение храма и прихода. К декабрю 1993 года по эскизам художника-реставратора В.В. Филатова был расписан придел преп. Сергия Радонежского. Придел преп. Алексия Человека Божия расписан под руководством художника-иконописца И.П. Ярославцева. Иконостасы северного и южного приделов написаны художником-иконописцем Н.И. Архиповым. К началу 2005 года под руководством иконописца В.А. Ермилова была закончена роспись трапезной части храма между приделами преп. Алексия Человека Божия и преп. Сергия Радонежского.
После кончины в 1998 году иеромонаха Марка (Клименко) приход возглавляли: протоиерей Олег Кириллов (1998-2000 гг.), протоиерей Анатолий Покладов (2000-2002 гг.), протоиерей Иоанн Зарецкий (2002-2022 гг.).
В настоящее время (с 14 сентября 2022 года) настоятелем храма является митрополит Зарайский Константин, Патриарший экзарх Африки. В храме служат: протоиерей Иоанн Зарецкий, иерей Игорь Филоненко, иерей Александр Тараканов, диакон Роман Лапин.
На приходе ежедневно совершаются богослужения, поют два хора: праздничный и будничный. По воскресным дням проходят занятия в воскресной школе, работает социальная служба, группа помощи алкоголезависимым людям.
Возрожденный храм продолжает радовать своей красотой москвичей и гостей столицы, верующие всегда могут сотворить здесь тихую сердечную молитву.